Seit dem 16. März 2004 ist die St. Johanniskirche einer der Würzburger Nagelkreuzorte.
Die Geschichte des Nagelkreuzgedankens begann mit der „Operation Mondscheinsonate“ der deutschen Luftwaffe, dem schweren Luftangriff auf Coventry vom 14. November 1940, bei dem 550 Menschen starben und bei dem mit großen Teilen der Innenstadt sowie Industrieanlagen auch die spätmittelalterliche St. Michael’s Kathedrale zerstört wurden. Der damalige Dompropst Richard Howard ließ bei den Aufräumarbeiten drei große Zimmermannsnägel aus dem Dachstuhl der zerstörten Kathedrale, die aus den Trümmern geborgen wurden, zu einem Kreuz zusammensetzen. Er ließ außerdem die Worte „"Vater vergib" in die Chorwand der Ruine meißeln und aus zwei verkohlten Holzbalken ein großes Kreuz zusammensetzen. Diese Worte bilden den Kern des Versöhnungsgebetes von Coventry, das die weltweite Aufgabe der Christen beschreibt. Versöhnungsgebet von Coventry Alle haben gesündigt und ermangeln des Ruhmes, den sie bei Gott haben sollten. Darum beten wir: Den Haß, der Rasse von Rasse trennt, Volk von Volk, Klasse von Klasse: Vater, vergib! Das habsüchtige Streben der Menschen und Völker, zu besitzen, was nicht ihr eigen ist: Vater, vergib! Die Besitzgier, die die Arbeit der Menschen ausnutzt und die Erde verwüstet: Vater, vergib! Unseren Neid auf das Wohlergehen und Glück der anderen: Vater, vergib! Unsere mangelnde Teilnahme an der Not der Gefangenen, Heimatlosen und Flüchtlinge: Vater, vergib! Die Gier, die Frauen, Männer und Kinder entwürdigt und an Leib und Seele missbraucht: Vater, vergib! Den Hochmut, der uns verleitet, auf uns selbst zu vertrauen und nicht auf Gott: Vater, vergib! Seid untereinander freundlich, herzlich und vergebt einer dem anderen, gleichwie Gott euch vergeben hat in Christus. Amen Das Versöhnungsgebet von Coventry nimmt unsere Welt in ihrer Unversöhntheit ins Gebet. Mit der Frage, wie Versöhnung für uns aussehen kann beschäftigt sich der Gottesdienst am Sonntag, 27. September 2020 um 10 Uhr in St. Johannis Würzburg mit Pfarrerin Susanne Wildfeuer und Pfarrerin Antje Biller.
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